导致vps服务器CPU使用率占用高的原因是有很多因素的，综合起来大致可分为以下几点：

1、杀毒软件的运行，各类的杀毒软件通常加入了对网页、插件、邮件的随机监控，无疑增大了系统负担。建议尽量使用最少的监控服务;

2、自己的软件程序运行。检查程序最大线程数是否足够，程序代码不够优化，如死循环，死锁;

3、病毒、木马、间谍软件导致，往往是由于大量的病毒在系统内部迅速复制，造成CPU占用资源率据高不下。同时检查部分系统进程是否占用大量CPU，例如svchost.exe、Services.exe、explorer.exe 等进程，最好检查清楚进程的运行路径是否有异常，正是因为这些进程的特殊性和重要性，使它更容易成为了一些病毒木马的宿主。建议用可靠的杀毒软件彻底查杀;

4、一些不完善的驱动程序也可以造成CPU使用率过高，定期升级更新驱动。

5、网络连接导致CPU使用率高，服务器对外提供访问服务时，系统将分配内存和少量CPU资源来为这些连接提供服务，当负荷过重，就会出现上述情况。同时也有可能受到网络攻击，消耗大量的系统资源导致CPU使用率高。

linux服务器可以通过系统日志和web日志，和一些top，free，uptime，sar，ps命令查询原因，windows服务器可以通过资源监控器分析。